斜视手术可能出现缝线肉芽肿、角膜干凹斑、矫正不足或矫正过度等后遗症。如果护理不当还可能出现感染的风险，比如眼内炎等。具体如下：
斜视是常见的眼科手术，属于有创操作手术，如术中使用较粗缝线，术后由于缝线的刺激，则易发生肉芽肿和角膜干凹斑，但可在数天内消失，且不留痕迹。
术中操作不慎，穿破眼球或术中受创的节状前动脉分支超过一半以上，术后易出现眼内感染的风险，比如眼内炎、巩膜穿孔等。其次在手术设计时出现误差，术后会导致患者眼位不正，出现欠矫或过矫的情况则需要二次手术。