巧克力囊肿在手术后有复发的可能性的，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，它是指具有生长功能的子宫内膜移位到了卵巢上，从而形成卵巢巧克力囊肿，这种疾病手术后的复发率是比较高的，一般在百分之五十左右，所以临床上为了降低巧克力囊肿术后的复发率，在术中要处理是比较关键的。如果囊肿与周围组织有致密的粘连，以及与肠管、输尿管有致密的粘连，在此时应该尽量的彻底清除病灶，以及与之相连的粘连带，必要时需要请其他科室的医生共同完成手术，而且一定要注意在术后要应用GNRHA类的药物，或者是地诺孕素等等来进一步的降低手术后的复发几率。

巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位囊肿，它是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢，而随着月经周期子宫内膜会发生脱落出血，从而形成卵巢巧克力囊肿，也叫做子宫内膜异位囊肿。这种囊肿在临床上表现为双侧卵巢都可以发现，严重者可以导致盆腔输卵管的粘连，甚至引起不孕症的发生，而卵巢囊肿来源则较多，比如常见的有上皮性的卵巢囊肿，浆液性的卵巢囊肿、免疫性的卵巢囊肿、生殖细胞瘤，性索间质细胞瘤、转移性肿瘤等等，良性恶性或者是交界性的卵巢肿瘤。卵巢囊肿一般是在腹腔中比较轻，活动度较好，而不像巧克力囊肿，可以导致盆腔广泛粘连，这是最主要的最大的区别。

目前在临床上对于患有卵巢巧克力囊肿的患者，在临床上需要注意患者的病情变化以及经期腹痛的情况，往往这一部分患者会出现经期腹痛的情况，会出现逐渐的加重，而且严重者会影响女性怀孕。如果比较大的巧克力囊肿或者已经影响怀孕，可以进行手术治疗，而小的巧克力囊肿，并且患者没有明显的痛经，也可以用药物维持治疗。如果有生育要求的患者，应该建议此类人群应该尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症有可能会引起不孕症的，而且随着病情的进展，不孕症发病率会越来越高，而且卵巢巧克力囊肿的女性做完手术后很容易复发的。如果症状不是很严重，暂时可以进行保守治疗。

对于巧克力囊肿的女性，如果这时囊肿比较小，痛经症状又不是特别严重，那可以通过药物来保守治疗，比如口服达拉唑，或者是孕三烯酮。还可以考虑直接在月经期间，服用非甾体类的抗炎药，来进行对症止痛治疗，比如常用的布洛芬缓释胶囊，或者是吲哚美辛。同时对于有生育要求的女性，在巧囊不是特别大时，可以考虑尽早备孕怀孕，因为在怀孕以后巧克力囊肿就会萎缩变小，甚至是可能自愈。但如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。如果女性因为巧克力囊肿已经出现破裂，那这时就需要考虑行急诊开腹手术治疗。

巧克力囊肿可能会导致患者出现不孕症、腹痛、腰酸胀坠痛、肛门下坠、性交痛的症状。一般来讲卵巢的巧克力囊肿常常是因卵巢的子宫内膜异位症引起的。卵巢的子宫内膜异位症是子宫内膜异位症的一种类型。子宫内膜异位症将近有40%到50%的患者表现为不孕症，除了不孕以外，当卵巢的囊肿长大到一定程度时会发生破裂，那么就会造成严重的腹痛，在这个时候患者应该紧急到医院就医，进行紧急的处理。除了腹痛以外，当卵巢的囊肿长大到一定程度时，也会造成一些压迫的症状，患者会感觉有腰酸胀坠痛甚至有肛门下坠感，还有一部分患者会伴随有性生活不适，出现性交痛。总而言之，一般来讲卵巢的巧克力囊肿，当它小的时候常常可能会导致是不孕，当它大的时候可能会伴随有腹部的不适有压迫症状，它如果黏连比较重的时候，甚至会可能造成患者的性交痛。