目前临床上认为卵巢巧克力囊肿是比较严重的，卵巢巧克力囊肿又称之为卵巢子宫内膜异位囊肿，这是子宫内膜异位症的一种。由于囊肿的大小不一如果小于五厘米，症状较轻可以暂时观察不用手术治疗，可以给予一定的药物进行保守治疗来控制囊肿的长大。如果囊肿过大，甚至大于十厘米则需要进行手术治疗，因为这种囊肿随着月经期雌孕激素的改变，会导致囊肿内出血增加，压腔内的压力增大容易引起周围组织的广泛粘连活动也是比较差，此时容易导致患者引起剧烈的腹痛，甚至伴有恶心、呕吐、肛门坠胀感。而且较大的囊肿随时有破裂的可能性也有卵巢囊肿蒂扭转发生的可能性。所以一旦确定为卵巢巧克力囊肿一般都是需要治疗的，可以选择药物治疗必要时也可以进行手术治疗。

巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位囊肿，它是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢，而随着月经周期子宫内膜会发生脱落出血，从而形成卵巢巧克力囊肿，也叫做子宫内膜异位囊肿。这种囊肿在临床上表现为双侧卵巢都可以发现，严重者可以导致盆腔输卵管的粘连，甚至引起不孕症的发生，而卵巢囊肿来源则较多，比如常见的有上皮性的卵巢囊肿，浆液性的卵巢囊肿、免疫性的卵巢囊肿、生殖细胞瘤，性索间质细胞瘤、转移性肿瘤等等，良性恶性或者是交界性的卵巢肿瘤。卵巢囊肿一般是在腹腔中比较轻，活动度较好，而不像巧克力囊肿，可以导致盆腔广泛粘连，这是最主要的最大的区别。

卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种特殊类型，它是具有生长功能的子宫内膜腺体或者间质侵入卵巢所引起的卵巢巧克力囊肿，这种疾病会容易引起盆腔粘连，必要时需要进行手术来松解盆腔粘连的目的，从而达到治疗疾病的目的。而女性的大多数的盆腔粘连是因为炎症感染所引起的，所以在治疗期间可以联合的使用抗生素来进行消炎治疗，直到病情完全恢复。对于卵巢巧克力囊肿的患者，不建议吃辛辣、寒凉刺激性的食物，否则会对疾病产生影响，而对于巧克力囊肿大于五厘米的，则需要进行手术切除。在手术切除这段时间，饮食方面也需要多加注意。

所谓的巧克力囊肿，就是由于女性的子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生、萎缩、坏死而导致，不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。对于巧克力囊肿的女性，即使进行手术切除治疗，但由于在手术的过程中，并不一定能够将异位的子宫内膜完全清除干净，所以在手术后仍然可能会出现巧克力囊肿复发，而且复发几率还比较高，可能会达到50%以上。所以术后需要继续肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来治疗，通常就可能将巧克力囊肿治愈。而对于有生育要求的女性，还可以考虑在停用曲普瑞林以后，尽早开始怀孕，因为在怀孕以后，巧囊复发的几率会明显减小。

巧克力囊肿手术后怀孕是预防复发的最好治疗方法。对于巧克力囊肿，怀孕是预防复发的最好治疗方法，整个孕期，在大量孕激素长期作用下，异位的子宫内膜会萎缩消失，假孕疗法是治疗子宫内膜异位症很重要的一种方法，就是模拟妊娠状态来实现疗效的，所以，巧克力囊肿术后不久就怀孕，是预防复发的最好、最有效方法，对于那些病情比较严重的患者，医生会建议术后立即开始用GnRH-a，每28天1次，连续用药4至6个月。用药期间体内激素水平类似切除双侧卵巢后状态，无月经来潮，不排卵，称为假绝经疗法，异位子宫内膜失去雌激素的维持，发生萎缩、凋亡，逐渐消失，达到预防复发的作用，停药后很快会恢复排卵和月经周期，就可以怀孕，不影响卵巢功能，尤其对于有生育要求的患者，更为合适，这种方法副作用较大，主要是骨质疏松和更年期综合征表现，但对于预防复发和生育价值很大，其副作用可以通过补充最小量的雌激素，使体内的雌激素水平不至于导致严重的骨矿物质丢失来避免。对于无生育要求者，排除避孕药的禁忌情况后，首选短效口服避孕药，优点是简便、有效、经济、安全。需要服用3-6个月以上为好，服药期间停止排卵，也无月经来潮，停药后就能恢复，不影响卵巢功能，如果超过40岁，血栓的风险增加，需要在医生的指导下，经过严格的筛选，谨慎应用。