大部分发病原因尚不明确，少数患儿有遗传因素，多数患儿可能是与环境因素有关的多基因易感性疾病。特别是在怀孕前三个月或妊娠期的头三个月，母亲有病毒感染、药物、缺氧、营养缺乏或营养不平衡、接触有害化学物品、中毒、放射线辐射、精神情绪过于紧张等有可能对胎儿的发育造成不良影响，导致唇腭裂的发生。