儿童先天性心脏病部分是由遗传引起的，当患者在胚胎的发育过程中，如果发生了遗传物质的变异，如21三体综合征的合并。这样的孩子有30%-50%的机会患有先天性心脏病，或者其他染色体异常也会引起先天性心脏病。然而，遗传因素在其发病机制中并不占很大比例。还有其他原因，主要是在怀孕的第五到第十二周，心脏处于形成阶段。