吗丁啉副作用主要是头晕、嗜睡、口腔干燥、腹泻或便秘、皮疹。吗丁啉是常见的胃动力药，药物成分包含镇静作用，使用后可能会出现头晕等症状，部分人在服用药物时发困。药物服用时血清催乳素升高，这导致一些人口干舌燥，但药物停止后，这些症状就会消失。吗丁啉在进入肠道的过程中对肠道系统有一定的影响，特别是有肠易激综合征的人使用药物后，也会诱发肠功能障碍，引起腹泻或便秘等表现。对药物过敏的话，皮肤会出现皮疹和发痒。