诊断真菌性肠炎较为困难，如果有长期粘液样腹泻、便秘交替出现的病史，并经抗生素、磺胺等久治不愈。而经抗真菌药治愈者，在结肠内窥镜下，有的可见到肠腔痉挛或有较多的黄白色稠性分泌物。有的肠壁可见多个表面呈黄色的溃疡改变。确诊本病除在结肠粘膜组织标本中发遭到真菌外，主要需多次真菌培养，呈阳性者并证实为同一菌种。