疣状表皮发育不良在现在的医疗技术上并没有满意的治疗方案，可以先试用X线照射、氟尿嘧啶(5-Fu)软膏等。电干燥法或刮除法能消除较小的皮损，但多数并不满意。可试用液氮冷冻、激光、微波治疗或X线照射等，但过量X线照射对HPV-5引起的皮损可能有致癌作用。发生癌变时，给予抗肿瘤治疗，或用外科手术切除恶性损害。