卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型，是子宫内膜异位到卵巢上引起的，受卵巢分泌激素的影响，异位的子宫内膜会周期性的反复性出血，也就是月经。随着异位在卵巢上的子宫内膜的出血、机化，导致卵巢体积增大，形成囊肿，内含黏稠的咖啡色液体，形成巧克力样囊肿。