舌咽神经痛局限于舌咽神经分布区域，出现发作性剧烈疼痛。这种疼痛呈间歇性发作，为刺痛感多见，舌咽神经痛的症状性质与三叉神经痛较为相似。舌咽神经痛的发病原因目前还不是特别明确，最可能的原因是由于舌咽神经及迷走神经出现了一些神经损伤和脱髓鞘性改变而导致舌咽神经的传入神经出现冲动，并且与迷走神经之间发生神经短路共同造成的结果。这些年来由于显微外科以及血管介入的一些发展。越来越多的病人被发现在后脑椎动脉和小脑后下动脉压迫到舌咽神经及迷走神经的时候会造成舌咽神经痛，在手术解除压迫后症状可以完全缓解，这些病人的舌咽神经痛就有可能与局部动脉压迫到舌咽神经有关，通常都需要外科治疗才有效果。