脑起搏器的手术时间与病人的配合度以及整体情况有关，从进手术室到完成所有系统的植入，快的能在2到3个小时之内完成，慢一点的可能需要4到5个小时。脑起搏器手术主要分为三部分:第一部分是术前的定位，这一部分是在手术室外完成，在局麻下给患者戴上定位框以后，需要进行CT或者核磁的扫描，确认需要植入的靶点。手术医生会根据定位的图像，来计算坐标，规划安全的电极植入通道，来避免损伤脑子和血管。第二步和第三步需要在手术室进行，第二步是植入脑深部电极，这需要在头上打一到两个小孔，确保深部刺激电极非常准确的植入到脑内的核团。第三步是植入从头部到胸部的皮下延伸导线以及刺激发生器。
