内镜下息肉切除，虽然属于微创治疗，但是还是存在一定的风险，所以在术前，需要让患者或者家属签手术同意书。内镜下肠息肉治疗的风险，主要是有两个方面。
一、术后出血。主要存在大息肉切除以后，通常见于术后创面处理不太恰当，比如钛夹夹的不太牢固，或者钛夹打的太少，创面可以出血。术后病人活动量太大、腹压大，或者是肠蠕动太快，钛夹提前脱落，也会导致创面出血。
二、术后穿孔。穿孔的表现主要是有剧烈腹痛，病人出现剧烈腹痛，一定要注意是不是穿孔，穿孔的原因也一般是治疗的创面比较大，而且切得比较深，或者钛夹的提前脱落，可以导致穿孔，如果发生穿孔以后，可以引起弥漫性的腹膜炎，甚至引起休克，导致生命危险。如果是肠息肉出现大出血，也会出现出血性休克，危及到生命。
发生风险则主要与息肉的大小、形态，手术难度以及患者全身状态，是否伴随其他疾病等因素密切相关。部分患者可能会因术前应用的相关药物，出现头晕、皮疹、哮喘等过敏反应。活组织检查或息肉切除部位，可能会发生出血、肠穿孔等并发症，严重者可能需要住院或手术治疗。一旦出现呕血、便血。严重腹痛或低血压等症状。应及时急诊就医。部分高龄或存在危险因素，患者术后可能会出现心律失常、心肌梗死。低氧血症、肺炎、脑卒中等并发症，极少数患者甚至可能会因病情恶化，而导致死亡，手术失败。