治疗附睾炎，首先要明确病原菌。针对急性附睾炎一般会采用头孢类的药物和左氧氟沙星进行治疗。除此之外，针对疼痛和发热的症状，会采用非甾体的抗炎药，部分会采用α受体阻滞剂来缓解疼痛。针对发热的情况，可以使用减热、镇痛、退热的药物。对于慢性附睾炎来讲，会选用像头孢、左氧氟沙星之类的敏感抗生素进行长期的治疗。对于支原体引起的感染，要采用大环内酯类的药物，比如美满霉素。针对特殊的结核感染，要采用对结核敏感的三联药物进行治疗。这些药物都需要在明确诊断以及明确病原菌的情况下来进行治疗。很多情况下并不能够通过精液培养的方法来获取、诊断是什么样病原菌导致的附睾炎。因此会根据病程发作的时间特点以及诱发因素，伴随症状来估计和判断是什么样的病原菌，再进一步的采用敏感的抗生素或者药物进行治疗。

附睾炎临床上可分为急性附睾炎和慢性附睾炎。急性附睾炎的患者一般伴发热，患侧局部的组织肿胀，阴囊肿胀疼痛。查体时局部的附睾触痛阳性，抬高阴囊时，疼痛是否减轻，可用于鉴别诊断。急性附睾炎的特点是患者在睡梦中突然出现阴囊的疼痛，从疾病发作到阴囊明显肿大只需要短短几个小时，患处会迅速肿大、疼痛并伴有发热。还有一部分患者可能会伴有下腹部腹股沟区的牵扯痛。严重的患者可能由于附睾炎牵拉精索导致恶心、呕吐。部分病人因急性期未能彻底治愈而转为慢性，但多数慢性附睾炎的患者并无明确的急性期。

附睾炎不能自愈。不论是急性附睾炎还是慢性附睾炎，不经过系统的抗感染治疗，不可能达到自愈的目标。无论急性附睾炎还是慢性附睾炎，都是细菌感染引起的局部器官炎症。对于这一类的病人必须使用抗菌素治疗，急性附睾炎一般使用抗菌素3到4周，根据患者情况进行加减。附睾炎轻的病人疗程短一点，附睾炎重的病人疗程长一点。慢性附睾炎治疗的周期更长，大概需要几个月的时间，短的人两到三个月；长的人可能时间会更长，具体结果要根据患者对治疗的反应决定。

目前为止，从文献上和世界范围内查找，并没有发现附睾囊肿癌变的病例，因此附睾囊肿一般情况下不会发生癌变。虽然附睾囊肿是一个良性疾病，它不会引起患者癌变，但是也要引起患者的注意。首先，可疑患者可行超声检查，明确附睾囊肿的诊断，与睾丸囊肿、慢性附睾炎、精索鞘囊积液等疾病进行鉴别。其次，诊断明确后，患者可每年定期复查，观察囊肿是否继续增大。最后，当囊肿过大，或者已经引起患者极度焦虑的情况下，医生可以选择进行手术治疗。

附睾炎有急性和慢性之分，若是慢性的治疗时间会比较久。急性附睾炎，一般病程在2个星期左右。同时治疗的时候，要注意休息，避免熬夜，避免过度的劳累，避免烟酒、规律的生活、加强身体锻炼，增强自身的抵抗能力，多喝水、放松心情，一定要做到的是，不要憋尿，不要忍尿，不要长久的不排尿。还要避免的是，不要长时间的久坐、久站，同时两性生活，在夫妻生活方面要有节制。忌辛辣刺激性的食物，要避免经常性的性冲动和重体力的劳作，以免加重感染，加重感染的同时，使治疗的时间也会更加的长。这些都是我们应该避免的。