舌咽神经痛的原理和三叉神经痛一样，两者都是患者神经受到它伴行的血管，主要是动脉血管波动性的冲击，导致神经的外膜发生退行性改变，使之异常放电，引起它所支配的区域出现发作性疼痛。三叉神经痛，它是面部疼痛。舌咽神经痛发生在扁桃体的位置，咽喉部的位置发作性疼痛。因为这两个病的原理一样，所以药物治疗也一样，目前临床治疗非常有效果的药物为卡马西平，至于卡马西平药物的用法，原则上是患者最小的剂量能达到缓解疼痛的目的。
有些患者一天一片，或者是两片，有些患者可能一天吃四五片才能缓解疼痛。根据患者疼痛的缓解情况来及时调整药量。还有一种药物为奥卡西平，它和卡马西平是一类，只是奥卡西平的副反应较轻，比如头晕、嗜睡等影响患者走路运动的副反应要轻。但是价格方面奥卡西平较之贵一些。根据患者的具体情况，选择这两种止痛药物治疗。