舌咽神经痛术后有复发的可能性。
因为神经的特殊性，治疗三叉神经痛的毁损的治疗方法，不太适用于舌咽神经。由于舌咽神经的解剖结构，以及神经比较细，通过穿刺很难能达到。
临床上治疗神经痛的治疗方法主要两种方法，比如早期建议药物治疗，但药物只是止痛，如果患者要想根治，可以采用显微血管减压术，这种手术效果非常好。但有一部分患者会出现术后复发，复发的原因和第一次手术医生的操作有关系。手术的原理是让和神经接触的血管主要动脉，临床上称为责任血管、责任动脉，把责任动脉要从神经的位置移开，让和神经不接触，由此能保证手术的完全治愈，达到完全止痛的效果。
这种操作对于术者的经验和技巧方面有一定的要求，如果医生在术中做的神经解压不到位，血管移开的位置和没有神经减压的情况还是不充分，此时可以导致患者术后无效，或过段时间又反复了。术后复发这种情况还是存在。一旦患者出现复发，可以考虑再次手术，因为复发可能是因为前次手术有问题或出现一部分的黏连，局部黏连之后造成导致血管复位，也可以引起症状复发。这种情况，可以通过第二次术中进行判断。