巧克力囊肿发生多与子宫内膜异位症有关，因此多会带来痛经、腹部剧烈疼痛以及不孕症等问题。对其他原因导致的巧克力囊肿，属于恶性病变概率会更高，容易发生转移，威胁患者生命安全。
卵巢巧克力囊肿常与卵巢子宫内膜异位症引起。子宫内膜异位症危害主要表现为痛经和诱发不孕症。卵巢囊肿引起痛经发生率不是很高，但伴随有不孕症发生率是比较高的。卵巢囊肿，除可导致不孕外，长到一定程度时，会出现破裂，导致患者出现剧烈腹痛，此时应马上就医。
卵巢巧克力囊肿，多数是子宫内膜异位症造成。当卵巢浆液性囊腺瘤或黏性囊腺瘤，伴随囊内出血时，也是巧克力囊肿。此时要考虑浆液性囊腺瘤或黏性囊腺瘤，是否有恶性可能。
卵巢有巧克力囊肿时，除要考虑是子宫内膜异位症造成外，还要考虑其他原因诱发的巧克力囊肿，其属于恶性肿瘤概率会更高，需要大家警惕。