当巧克力囊肿没有得到一定的治疗发生越来越大的情况下很容易出现巧克力囊肿破裂的情况，如果巧克力囊肿出现了破裂严重的时候有可能会致命危险，因为巧克力囊肿的囊液有很大的侵蚀性。
巧克力囊肿目前来说，一般医生大多数都是推荐治疗的，当然也有一些人对治疗无论是药物手术都有恐惧，当然也有一些比较偏远的地方或者经济比较差的一些家庭，不能承受选择了不治疗。
当然其实不治疗，如果没有症状，只是慢慢的发展、慢慢长、发生恶变的概率也是比较低，主要是巧克力囊肿增大还有引起的一个周围的炎症反应，机能粘连引起一个慢性的疼痛、不孕这一些情况，当然到后期来说有可能就是不能手术，只能用药物治疗了。
巧克力囊肿大多生长在女性朋友的卵巢当中，当得了巧克力囊肿就代表卵巢出现一定的问题。大家都知道女人怀孕是和卵巢有很大的关系的，所以得了巧克力囊肿就一定会影响卵巢的正常功能，从而影响怀孕的。
针对于没有生育过的女性朋友来说这是非常严重的问题，所以在没有生过孩子又有生育要求的人来说如果巧克力囊肿不治疗就会容易不孕。
另外巧克力囊肿虽然是良性疾病很少发生恶变。但是却有增生、破裂、浸润、转移及复发等恶性行为。