对于巧克力囊肿过大的女性，很容易在剧烈运动或者是同房的刺激下，而引起卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。如果女性出现巧克力囊肿破裂，最主要的症状就是出现突发性的下腹部剧烈疼痛，随着囊肿破裂时间的增加，就会有明显的肛门坠胀现象，同时还会导致，如果破裂时间太久出血太多，那还会导致晕厥表现。
对于出现巧克力囊肿破裂的女性，通常就需要急诊行腹腔镜手术，或者是开腹手术将卵巢巧克力囊肿切除。由于巧克力囊肿破裂以后，可能会导致盆腔各处都有异位的子宫内膜，所以术后需要肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来继续治疗，其目的就是为了预防巧克力囊肿的再次复发。而且在手术后一个月还需要复查彩超，看盆腔的恢复情况，同时要禁止同房一个月以上。