对于大多数的卵巢囊肿来说，尤其是卵巢的生理性囊肿，不需要进行治疗。对于子宫内膜异位症导致的巧克力囊肿，如果囊肿的直径小于五厘米，如果没有引起明显的临床症状，比如不孕症或是严重的痛经，或者由于囊肿的反复发生破裂，这种情况暂时可以先不进行治疗。
而对于有生育要求的女性，可以鼓励她尽快的试孕。如果能够怀孕，往往在妊娠期和哺乳期的时间内没有月经来潮，巧克力囊肿可能会逐渐的吸收，囊肿也会逐渐的缩小。也可以采取一些保守治疗，像假孕疗法、假绝经疗法等等，可以在一定程度上抑制卵巢囊肿的生长，但是在停药之后是有可能会发生复发。
如果是由于囊肿反复的破裂，或者由于巧克力囊肿引起的不孕症，或者由于囊肿大于五厘米以上，囊肿不能判定为良性还是恶性，就需要进行手术治疗。
子宫内膜异位囊肿在手术之后也有复发的可能性，对于没有进行手术治疗的女性，可以采取药物治疗或者是局部的穿刺治疗，但是所有的治疗方法都有一定的复发率。对于卵巢的炎性囊肿，通过规范的抗生素治疗之后，炎性囊肿会逐渐的缩小，症状逐渐的缓解消失。但是由于慢性盆腔炎所导致的卵巢炎性囊肿也仍然有复发的可能。当机体抵抗力下降，可能会引起慢性炎症的急性发作。