肩胛骨疼痛如病程短，症状轻，休息后可缓解，无需特殊治疗。大多数患者通过外用消肿止痛药物、热敷、针灸、推拿、口服止痛药物、手术等方法都可缓解，有原发病者必需要先治疗原发病。
一、肩背部软组织损伤、肩胛骨骨折、肋骨骨折、锁骨骨折等引起，单纯软组织损伤予以避免受压、口服及外用消肿止痛药物即可，骨折病人应根据骨折的部位及严重程度，选择悬吊及胸带、三角巾、锁骨带等外固定或手术治疗，适当口服镇痛药物。
二、肌筋膜炎、肩周炎、肩峰下撞击征、肩峰下滑囊炎、肩袖损伤、关节盂唇损伤、钙化性冈上肌腱炎等肩关节本身疾病引起，根据疾病情况采取不同治疗方式，一般先采取休息、热敷理疗、针灸推拿、口服非甾体类消炎镇痛药物治疗，痛点明确的予以封闭及冲击波治疗，病情较重者行手术治疗。
三、颈椎间盘突出、颈椎病、肩胛上神经卡压、胸廓出口综合征等肩关节以外的骨科疾病引起，可针对原发病采取非手术或手术治疗。
四、心绞痛、心肌梗死、肺梗死、肺癌、纵膈上下的疾病、胆囊炎、肝脏疾病等内科内脏疾病引起，转至相关内科科室治疗，原发疾病好转后肩胛骨疼痛症状可缓解。