肛瘘如果长期不治疗会出现流脓流水，造成内衣裤的污染，从而引发细菌的增生，可诱发肛门湿疹、肛门瘙痒等其他肛门疾病。随着病情的进展，瘘管的严重程度越来越重，会造成复杂性肛瘘，而治疗难度增大，造成肛门失禁等一系列后遗症。严重影响患者的正常生活。并且浓液、粪便会污染内裤，会出现异味，也会导致外阴处出现感染。长期处于流血流脓的状态会造成体内铁的缺失，从而引发贫血造成头疼、头晕的毛病。随着病情的进展，可能会出现肛周癌变，甚至危及生命。

肛瘘一般分为两种，分别是复杂性肛瘘和单纯性肛瘘。如果是有单个瘘管或者是外口，这个属于单纯性肛瘘，而复杂性肛瘘又分为高位肛瘘和复杂性肛瘘，要根据其内口的位置来判断。如果内口位于肛门直肠环以上，就属于是高位肛瘘。如果是位于肛门直肠以下，就属于低位肛裂，其中包括高位单纯性肛瘘、低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘、高位复杂性肛瘘。还可以根据肛瘘发生的原因，分为现腺源性肛瘘和结核性肛瘘，前者是由于肛隐窝感染引起的，常常会出现肛门周围肿痛。后者是因为结核病发病引起的。

按照解剖学上来说，分为内口与外口、窦道。根据内口位置的高低，也就是内口与肛提肌位置比较又分为高位肛瘘与低位肛瘘，高位肛瘘是指内口位于肛提肌上方，而低位肛瘘内口位于肛提肌下方。在临床治疗上来说，一般低位肛瘘即使是复杂性肛瘘，可以一次性的将窦道全部切开敞开，然后促进创面的愈合，达到一次治愈的目的而对于高位肛瘘因为。窦道穿过肛提肌，一次性的切开容易损伤到。肛管直肠环而引起术后的排便失禁，通常需要采用挂线治疗。肛瘘形成的原因。其实也就是感染，因为肛瘘与肛周脓肿其实是同一种疾病的不同分期，都是坐骨直肠周围间隙感染。急性时表现为肝脓肿破溃以后，迁延不愈，形成内口外口以及窦道，甚至多个窦道，称为复杂性肛瘘。所以说，肛瘘形成主要就是坐骨直肠周围间隙感染迁延不愈所形成的临床疾病。

肛瘘就是肛门周围的肉芽肿性管道，它是由内口、外口还有瘘管组成的。肛瘘一旦发生是不能自愈的。如果不治疗可以反复发作，形成反复的肛门肿痛、流脓，所以必须进行手术治疗才能够得到根治。肛瘘的初期必须行手术治疗，将瘘管切开形成敞开的创面，以利于引流，然后促进愈合。也可以行肛瘘的挂线治疗方法，方法是用橡皮筋或者药线通过压迫和结扎，促进肛瘘内口的慢慢愈合，可以起到出血少，在橡皮筋脱落之前不会发生皮肤切口愈合的优点。还有一种方法是肛瘘切除术，将瘘管还有内口、外口全部切除掉，创面不缝合。如果创面比较大可以部分缝合，然后部分敞开填入油纱，然后使创面从底部向外慢慢的生长。

通常如果确诊肛瘘以后，还是建议患者及早进行手术的治疗，这是为什么呢？因为肛瘘的感染是由于肛门内的肛线感染向外蔓延引起的，肛瘘的内口实际上是在肠腔内的，它是长期接触粪便、细菌，反复的去污染它的，如果肛瘘的内口不能完全愈合的话。通过常用的抗感染的治疗是不能完全治愈的，这就好比一个污水池，它的进水口一直开着，即使把外面的污水排净，但是内口一直在开放，脏的东西一直在进来，肯定是要反复发作，这种情况下，就只能通过手术的治疗清除肛瘘的瘘道以及内口、外口这些组织，让它彻底的愈合以后才不会反复的发作，肛瘘要尽早治疗，而且手术治疗是唯一治愈的手段。