肛瘘手术2周以后，基本上就可以看到新鲜的肉芽生长，肛瘘手术后肛门部位处于污染创面，污染创面在伤口急性炎症期，会持续时间比较长，而急性炎症期，一般在肛门部位是1-2周，由于肛门的新鲜创面，而且很多时候创面是在开放状态，由于粪水的污染、排便的影响、炎症刺激，这种新鲜创面表面会先经过去腐生肌的过程，也就是临床上会看到早期肛门会有很多渗出物，会有坏死的组织，甚至会有黏液样、脓苔样的组织，这都是由于表面被粪水污染以后的现象，随着急性炎症期度过，2周以后肛门伤口渗出渗液，这种脓性分泌物就会大大的减少，然后可以看到肛瘘的创面，会出现比较新鲜的、鲜红的肉芽，这个时候就是肉眼可以见到的所谓的长伤口或者长肉，这个时候创面疼痛，分泌物的渗液量都会大大的减少，疼痛也减轻，而有的甚至会开始出现伤口长肉芽的轻微瘙痒症状，这都代表新鲜肉芽在生长，通常过了2周以后，这样创面就可能会出现长肉的现象。但如果肛瘘是在伴随脓肿的状态下完成的手术，这个过程可能就会延后，因为脓肿、坏死组织引流以及去腐生肌的过程，会变得延长，而且有些肛瘘手术需要做挂线，在肌肉深处的组织，坏死组织引流，时间可能会变得更长，但绝大多数肛瘘手术创面2周以后，会开始出现新的肉芽生长。

肛瘘的主要鉴别诊断是患者近期是否出现红肿，热痛等现象，一般肛瘘患者都会有肛周脓肿的病史的。通过肉眼可看到肛周皮肤上有外口，常常出现为单个，表现为红色乳头状突起，用手按压可以出现脓性分泌物有或带血的分泌物。而肛门流脓、流粪是最主要的表现,其他肛肠疾病是不会出现的。因分泌物的刺激，有时候患者会觉得有瘙痒感。在触诊时可发现皮下有条索状肿物向肛门方向，并且在齿状线有相应部位出现瘘口是最典型的临床症状。治疗时最好的方式就是手术治疗。

肛瘘通过症状和体征及实验室检查来确诊。肛瘘的典型临床表现是瘘口处反复流出少量的浓液污染内裤，有时瘘口处排出的分泌物会刺激肛周皮肤引起潮瘙痒、潮湿。如果持续时间长会形成湿疹。通过外科检查可以看出外口乳头状的突起，或者是肉芽组织突起，压迫时有少量的浓液流出。直肠指诊可发现肛门周围有单个或多个外口呈乳头状突起。直肠指检内口处轻压痛可触及硬结及条索样的瘘管。通过肛管超声可发现瘘管的位置及部位，确定肛瘘的诊断及是否属于高危复杂性。

肛瘘和肛周脓肿其实是同一种疾病的不同分期。换句话说，肛瘘和肛周脓肿都是因为坐骨直肠周围间隙感染所引起的临床疾病。肛瘘的发病原因，也就是坐骨直肠周围间隙感染。在感染急性期脓肿形成，肛周脓肿表现为局部的红肿热痛，波动感阳性。此时通常需要及时的行脓肿切开引流，如果脓肿位置比较深在。通常在临床上还需要置管引流，并持续负压冲洗，冲洗液中可以加入甲硝唑等抗生素药物，同时予以静脉注射抗生素控制。控制感染。而慢性期，通常是因为，急性期行脓肿切排以后，瘘管迁延不愈，所形成的肛瘘。肛瘘在解剖学上包括内口，外口与窦道，一旦形成肛瘘，在临床上避免一次手术损伤的肛管直肠环，绝大多数采用挂线治疗可以达到治愈的效果。

一般肛瘘的保守治疗现在很少用，因为90%的人都主张肛瘘做手术。如果有病人特殊情况，比方说有白血病、血色素很低、岁数非常的大，甚至于有脑梗的病人，实在不能做手术了，首先要用消炎的药，用一些外用的抗炎的药膏，然后用一些痔疮栓，最好还要用一些中药的泡洗，争取让瘘管不再去感染。但是如果说保守治疗用了药了以后，肛瘘的瘘管完全好了是不可能的，只能减轻症状。待机体抵抗力增强了，比方说血液病基本上控制了、岁数大的人体力能够支持了，建议最好还是要做一个很简单的肛瘘的瘘管切开根治术，这样患者以后就不会再受到肛瘘的每次流血、流脓的危害。但是个别的病人，确实不能够承担手术的，可以先用一些消炎的、清热解毒的，甚至于用一些中药的泡洗，能够减轻症状，但是不能够根治，要是抵抗力强，能够有条件的，最好以手术为佳。