月经咖啡色是因为经血量少在体内停留时间长，氧化后排出的颜色即呈咖啡色，有时甚至呈黑色。
正常月经血呈暗红色、不凝固、碱性、无臭味。月经血可来自动静脉，由于纤维蛋白溶酶对纤维蛋白的溶解作用，导致月经血的高纤溶活性，有利于经血和组织纤维的液化和排出。通常月经血不凝。一次月经的总失血量正常为20～60ml，少于20ml为月经过少。
当月经血量过少，积在宫腔内或阴道内不能及时排出来，而月经血中含有大量的铁离子，在富含氧气的时候就呈鲜红色，在缺乏氧气的时候呈暗红色，当富含铁离子的血液被氧化成四氧化三铁则颜色变深呈咖啡色、黑色。
从中医来讲，辨证论治分为：
1.气滞血淤型：因气行不畅，导致血液瘀滞；
2.气血两虚型：多因过思、过劳或者久病损耗引起的脾胃虚弱、营养不足、气血两亏；
3.血寒型：因身体受寒而导致寒凝血瘀；
4.肾虚型：因房事过多、反复流产、多次分娩导致肾气不足的病理状态。
从西医来讲，月经量少跟各种原因导致的内分泌紊乱，雌激素低下或者子宫内膜受损、内膜菲薄有关系。