胚胎发育不好最常见的原因是胚胎自身发育异常，比如染色体异常等等。当然有时也与妈妈的自身疾病相关，比如内分泌疾病、黄体功能不健或者免疫性疾病、抗磷脂综合征等等，需要做出鉴别和处理。
在孕期，尤其是孕早期，有时会因为胚胎发育不好，出现胚胎停育。一般来说，单独一次胚胎停育，是不需要查找原因的，但如果连续两次以上胚胎停育，就要查找原因给与处理。一般首先要检查父母双方染色体，以除外染色体异常。如果染色体确实有异常，建议下一次行三代试管婴儿，做胚胎着床前的染色体检查，挑选合格的胚胎再移植，可以改善妊娠结局。
同时也要检查妈妈的内分泌和自身抗体，如果有黄体功能不健等内分泌异常性疾病，一般在怀孕之后，要及时的补充孕激素治疗，有时妈妈会合并有自身免疫性疾病，比如抗磷脂综合征。抗磷脂综合征也是胚胎停育的重要原因，抗磷脂综合征会导致局部胎盘形成微血栓，从而引起胚胎停育。抗磷脂综合征的诊断一定要慎重，要检查妈妈抗体，要结合临床表现。一般来说，抗心磷脂抗体阳性或者β2-糖蛋白1阳性，或者狼疮抗凝物阳性，合并两次以上的胎停，这时才考虑抗磷脂综合征，在下次妊娠之后，要给与抗凝治疗，可以改善预后。