消化不良是由于幽门螺杆菌、肠道的感染、遗传背景、患者的情绪状态引起的。
消化不良总体来说病因不是特别明确，一般认为与以下的原因有相关性。
一，幽门螺杆菌，这个是1983年澳大利亚学者马歇尔发现的，现在认为好的消化道疾病除了消化性溃疡之外，还包括消化不良也可能是和幽门螺杆菌感染是有相关性的，如果是患者在排除了其他的一些疾病，而诊断为消化不良的时候，患者如果有幽门螺杆菌感染，需要积极的给患者根除的治疗，往往给予根除治疗之后，患者的症状会有明确的改善。
二，肠道的感染，胃肠道的感染，比如有患者去外地旅行之后出现腹泻，这样者往往会遗留下腹痛、腹泻（的病史），但是在患者做完了胃肠镜等检查之后，查不到明确的器质性的病变，考虑患者的消化性不良和这个肠道的感染相关。
三，遗传背景，比如有的是父亲母亲，消化不良，那孩子的消化不良他的发生的概率也比较大，但是到底是位于哪个基因靶点，是哪个染色体目前没有得到明确的鉴定。
四，患者的情绪状态，比如有的患者处于焦虑抑郁或者失眠的状态，出现消化不良、腹痛、腹胀，这个症状就明显的较普通人群要高，这个时候排除了其他的原因之后，那可能就得建议患者吃一些抗焦虑、抗抑郁或者是助睡眠的药物，当然这个需要专科医生来进行开具。