目前临床上对于卵巢巧克力囊肿，如果小的时候或者是囊肿的大小在五厘米以下，可以暂时不用考虑手术治疗，可以先尝试用中医中药来进行治疗，也可以选择某些中成药来控制囊肿的生长。但是如果中药治疗效果不理想，可以在医生的指导下给予促性腺激素释放激素，来从中枢上控制激素的水平，从而使月经停闭达到抑制子宫内膜活性以及生长的目的，从而使卵巢巧克力囊肿得到治疗。但是这种治疗是有一定的副作用的，往往用药三个月以后患者会出现潮热、出汗、心烦、失眠等植物神经紊乱、更年期的症状。当停药几个月后，子宫内膜又会重新生长卵巢功能重新建立，又会来月经那么移位的病灶有可能重新复发。

巧克力囊肿是子宫内膜移位症的一种特殊类型，它可发生于女性的任何年龄，一般高发于育龄期的女性。这个疾病主要的特点就会有痛经进行性的加重，这个疾病会引起卵巢子宫的病变，从而导致女性出现痛经进行性的加重，性交痛，甚至会引起输卵管炎、盆腔炎，从而引起不孕症的发生，所以这个疾病是有一定的危害性的。对于严重的子宫内膜移位症，卵巢巧克力囊肿的患者，如果子宫内膜移位到了盆腔，宫颈韧带，甚至发生严重的性交痛，尤其在月经前较为明显，而且卵巢巧克力囊肿会逐渐的增大，囊肿增大到一定时候就会造成破裂，从而引起急腹症的发生。

目前临床上认为卵巢巧克力囊肿是有可能发生遗传的，因为巧克力囊肿属于卵巢型子宫内膜移位症。虽然具体确切的致病原因尚不明确，但是因为研究表明，卵巢巧克力囊肿具有一定的家族聚集性。因此我们认为巧克力囊肿中有一定的遗传的可能。如果女性患者家族中的母亲或者姐妹有发生巧克力囊肿的病例，患有巧克力囊肿的可能性就会明显的高于没有家族史的女性，所以建议此类人群在日常生活中应该避免紧张焦虑的情绪，避免压力过大。在日常生活中避免食用辛辣、寒凉刺激性的食物。

卵巢巧克力囊肿的患者在术后应该注意以下事情，首先要预防复发，多卧床休息，预防感染，积极的补充营养。因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，具有非常高的复发率，因此患者在术后需要坚持服用药物来控制病情，这样可以有效的预防复发。另外，为了让患者的身体尽早的恢复健康，需要让患者卧床一段时间，多吃蔬菜水果，补充足够的蛋白质。最后，患者需要定期的做好手术窗口的卫生护理，这样可以避免感染加快病症的恢复。在术后三个月以内，患者不可以进行性生活，必须在确认身体完全恢复到术前状态时，才能够进行适当的性生活。

对于巧克力囊肿过大的女性，很容易在剧烈运动或者是同房的刺激下，而引起卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。如果女性出现巧克力囊肿破裂，最主要的症状就是出现突发性的下腹部剧烈疼痛，随着囊肿破裂时间的增加，就会有明显的肛门坠胀现象，同时还会导致，如果破裂时间太久出血太多，那还会导致晕厥表现。对于出现巧克力囊肿破裂的女性，通常就需要急诊行腹腔镜手术，或者是开腹手术将卵巢巧克力囊肿切除。由于巧克力囊肿破裂以后，可能会导致盆腔各处都有异位的子宫内膜，所以术后需要肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来继续治疗，其目的就是为了预防巧克力囊肿的再次复发。而且在手术后一个月还需要复查彩超，看盆腔的恢复情况，同时要禁止同房一个月以上。