治疗小儿菌痢的首选药，大致有如下几种:
复方新诺明 主要优点是毒性小，疗效高，副作用少，半衰期长，抗菌谱广。用量:每千克体重每日25毫克，分两次口服，宜安排在早晚饭后。服药后要多给患儿喝些水。一个疗程为3～7天，若需大剂量或长期服用，应加服适量碳酸氢钠，以避免或减轻肾脏损害。早产儿、不足3个月的婴儿、肝肾功能不良者及对磺胺过敏者均应禁用。此药不可与乳酶生、促菌生、酵母片等助消化药同服，以免降低后者的疗效。
吡派酸 对革兰阴性杆菌，如大肠杆菌、绿脓杆菌、变形杆菌、痢疾杆菌有较好的抗菌作用。与各种抗生素无交叉耐药性。口服，儿童每日30毫克～40毫克/Kg，分3次。副作用:有时有恶心、呕吐、食欲不振、便秘及腹泻等胃肠道反应。个别患者可出现皮疹、药物热及瘙痒。
磷霉素钙 是一种广谱抗生素，与其他药物没有交叉耐药性。用量:每千克体重每日50～100毫克，分3～4次口服。此药不良反应较少，主要为胃肠道反应，如恶心、食欲差等。
庆大霉素 肌肉注射量为每千克体重每日3～4。5毫克，分3次注射。此药可静脉滴注，但疗程宜控制在10天左右。目前临床有人提议用其口服，观察效果也很好。此药常用量对肾脏、听力无明显影响，仅有少数患儿出现管型尿、蛋白尿等，国内统计发生率约为2%。
痢特灵 化学名叫呋喃唑酮。用量:每千克体重每日5～10毫克，分3次口服，疗程5～7天。可与复方新诺明同服，以增强疗效。此药口服不易吸收，故毒性较低，仅有轻度恶心、头晕等反应。
肠炎灵 为一种高效抗菌收敛药。成人每次4粒，每日一次口服。小儿按年龄酌减。服药期间尿液为红色，停药后即恢复正常。
值得注意的是，小儿菌痢初期不宜使用止泻药，如止泻片、炭片、矽炭银、鞣酸蛋白等。这是因为，菌痢患儿要通过排便，方能将肠道内的病菌及细菌毒素排出体外腹泻有利于病体的恢复。若过早地使用止泻药，就很难将患儿体内的病菌及毒素排出体外，往往会使病情加重，病程延长。故菌痢患儿应多喝水，多排便，高烧者可给退热剂或进行物理降温，如酒精擦浴等。另外，小儿在腹泻期间，宜少给糖水喝。因为糖在肠内容易发酵，反而会使腹泻加重。
菌痢治疗要彻底，不能以有无症状作为停止治疗的标准，应以肠道内病变是否愈合作为停药的根据。因此，治疗过程应反复查大便及做大便培养。如果药量不足、疗程不够长、治疗不彻底，则可能转变成慢性痢疾。因此，对于菌痢，要抓紧在急性期治疗，以期完全治愈。
